perturbgen package

Subpackages

• perturbgen.pp package
  • Submodules
  • perturbgen.pp.GF_tokenisation module
    • get_args()
    • main()
  • perturbgen.pp.tokenizer module
    • TranscriptomeTokenizer
      • TranscriptomeTokenizer.create_dataset()
      • TranscriptomeTokenizer.tokenize_anndata()
      • TranscriptomeTokenizer.tokenize_data()
      • TranscriptomeTokenizer.tokenize_files()
      • TranscriptomeTokenizer.tokenize_loom()
    • rank_genes()
    • sum_ensembl_ids()
    • tokenize_cell()
  • Module contents

Submodules

perturbgen.train module

perturbgen.val module

Module contents

Modules for the all projects.